Dopo gli anni settanta, ovverosia dopo il periodo d’oro per il Brindisi Calcio che è arrivato a disputare ben sei campionati di Serie B, la Prima Squadra negli anni ottanta dalla Serie C2 risale in Serie C1 dopo aver vinto il torneo nella stagione 1984-1985. Saranno ben 5 i campionati di C1, fino al 1990, che il Brindisi Calcio disputerà nella terza serie professionistica sfiorando peraltro la promozione nella stagione 1988-1989. A causa dei problemi economici che investono la società, nella stagione successiva arriva però un’altra retrocessione in C2 ed il fallimento della società Brindisi Sport.
Nell’estate del 1990 a Brindisi si rischia di rimanere senza una squadra di calcio a buoni livelli, ma una cordata di imprenditori locali fonda il Brindisi Calcio 1920 che, fino al 1994, disputerà il campionato di Serie D prima di un nuovo collasso economico e finanziario che porterà il calcio a Brindisi, fino al 2000, a rimanere in Eccellenza prima della promozione in Serie D che porterà poi subito alla vittoria del campionato nella stagione 2001-2002.
Il Brindisi festeggia così il ritorno in Serie C2, nel calcio professionistico, con una stagione, quella 2002-2003, da incorniciare ma purtroppo dal finale amaro in quanto contro l’Acireale la squadra perde lo spareggio promozione nella doppia sfida con il match di andata in Sicilia, e quello di ritorno in Puglia.
Tocca così alla squadra siciliana il posto in C1 mentre il Brindisi Calcio resta per poco in C2 in quanto ancora una volta la società nelle settimane successive non riesce ad iscriversi al campionato dopo che in Prima Squadra avevano militato tanti giocatori forti, anche di categoria superiore, da Giorgio Corona, che poi arrivò pure a giocare in Serie A con il Catania, al brindisino doc Mino Francioso, e passando per Vittorio Pinciarelli, Pierluigi Orlandini e Michele Menolascina, forte centrocampista con un passato anche in Serie A con la maglia dell’Ascoli.
Gli anni che seguono, in un susseguirsi di buoni risultati e di crisi societarie, portano nel 2015 all’esclusione del calcio brindisino dalla Serie D a seguito dell’inchiesta denominata ‘Dirty Soccer’. Ad oggi, con il campionato di calcio di Promozione 2017-2018, il calcio in città è ripartito quasi da zero, ma con tanto orgoglio e tanta voglia di rivalsa, con l’S.S.D. Brindisi Football Club, già A.S.D. Brindisi dopo aver rilevato in precedenza il titolo sportivo del Real Paradiso.